2. 1. Crisis con Bolívar

Discurso de Francisco de Paula Santander

Frente al sector civilista que Santander representaba surgió un sector militarista, renuente a aceptar los formalismos constitucionales y legales y temeroso de que el poder jurídico se sobrepusiera al heroísmo militar, en especial el representado por Bolívar. Entonces se formaron los bandos santanderista o civilista y bolivariano o militarista, lo que distanció cada vez más a los dos líderes.

En 1826 tras su regreso victorioso, se confirmó la elección de Bolívar como presidente y Santander como vicepresidente, pero las diferencias habían llegado a ser muy profundas, al punto de que los bolivarianos respaldaban la implantación de la constitución boliviana en la Gran Colombia, constitución que implicaba el carácter vitalicio de la presidencia y la inexistencia de las elecciones, Santander y sus adeptos preferían mantener la constitución que se había firmado en Cúcuta.

2. 2. Exilio

En septiembre de 1828 tuvo lugar un atentado contra Bolívar, a quién un movimiento encabezado por Pedro Alcántara Herrán después de la fracasada Convención de Ocaña declaró dictador el 27 de agosto del mismo año, en el atentado fue involucrado Santander a pesar de que nunca se le pudo demostar su participación; y fue condenado a muerte, pero debido a sus altos servicios a la patria, el Libertador le conmutó la pena por la del destierro por pedido explícito del ministro de guerra José María Córdova. Durante su exilio en Europa (Alemania, Inglaterra, Francia, Italia, Suiza) y Estados Unidos, Santander fue construyendo redes políticas y se permeó en las ideologías liberales de moda, con las cuales comulgaba ya con anterioridad; es así como tranza amistad con personajes de la talla de Goethe, Bentham y Schopenhauer, entre otros.